忍者联军第二部队：近战联合军分队（负责斩杀数量多的敌人， 在最前线战斗的队伍）

忍者联军第三部队：战斗近中距离联合军分队（负责持久战。） 统领：旗木卡卡西

忍者联军第四部队：远距离战斗联合军分队（同时负责支援前线及后方的部队） 统领：我爱罗 代理统领：奈良鹿丸

忍者联军第五部队：战斗特别部队（全部的武士或使用特殊忍术、战斗方法的忍者们组成的部队） 统领：三船，因对可能出现的各种稀奇古怪现象。